Είναι αρμόδιο ιδίως για την έκδοση αδειών χρήσης υδάτων και εκτέλεσης έργων αξιοποίησής τους, την τήρηση μητρώου έργων αξιοποίησης υδατικού δυναμικού, έργων επεξεργασίας υγρών αποβλήτων και προστασίας υδατικών πόρων, την επιβολή σε υφιστάμενα ή σε νέα έργα και δραστηριότητες που είναι πιθανό να υποβαθμίσουν τα ύδατα, τους περιορισμούς και τα μέτρα που είναι πρόσφορα για την προστασία τους, καθώς και το συντονισμό όλων των φορέων για θέματα που σχετίζονται με τη χρήση και την προστασία των υδάτων. Επίσης, είναι αρμόδιο για την εφαρμογή διεθνών, περιφερειακών και διμερών συμφωνιών και οδηγιών για θέματα διαχείρισης και προστασίας υδάτων.
Διεύθυνση Υδάτων Ανατολικής Μακεδονίας − Θράκης 
